Zowel wetenschaps- als werkgeversorganisaties zijn voorzichtig positief over de paragraaf over onderzoek en innovatie in het regeerakkoord. Rutte II gaat door met het topsectorenbeleid en er komt 150 miljoen euro extra beschikbaar om het fundamentele onderzoek te versterken, waarvan 50 miljoen door herprioritering.
Via NWO blijft 275 miljoen beschikbaar voor programmatisch onderzoek voor de topsectoren, waarbij de publiek-private samenwerking voor excellent fundamenteel onderzoek wordt voortgezet. Door verschuiving komt 110 miljoen euro vrij om deze samenwerking tussen bedrijven en kennisinstellingen verder te stimuleren. Hier staat tegenover dat generieke (fiscale) subsidies omlaag gaan.